La modulazione a 50 o 100Hz sui segnali di uscita degli ampli è abbastanza diffusa, spesso per il semplice motivo che è presente a causa di un non perfetto PCB layout o vicinanza dei cavi del trafo o diodi (induzione ).
Non a caso il my_ref, se i cavi si segnale sono sufficientemente lontani dal trafo, è uno degli ampli DIY più silenziosi.... (lo si nota anche da queste misure)...
Comunque la tua misura credo sia aggravata da qualche loop di massa.
Per tagliare la testa al toro ti conviene:
1. Prova ad usare un ampli separato per generare il segnale da iniettare, collegando solo la massa di potenza tra i 2 ampli come unica comune.
2. Se puoi, scollega il segnale del generatore (e di conseguenza dell' ampli di iniezione) dalla terra. In questo modo generi un segnali di iniezione "floating" che non genera loop di terra.
3. Preleva il segnale in prova collegandoti sulle boccole del ampli in prova, sia per la massa che per la sonda. usa sempre la boccola di massa del ampli in prova come "centro stella", quindi massa di riferimento. es:
- massa della sonda DF su massa uscita ampli in prova
- segnale sonda DF su uscita ampli in prova
- collega la massa di potenza dei 2 ampli tra loro.
- collega le uscite dei 2 ampli attraverso il carico resistivo 8ohm
- appoggia la sonda per il segnale "master" da triggerare sul uscita del ampli di iniezione, senza collegare la massa della sonda (la massa è garantita dalla sonda di DF...)
In questo modo non creii loop di terra e massa, e puoi fare la misura in modo coerente. Certo, qualche residuo di 50 o 100 hz ci saranno, colpa però degli ampli "non silenziosi" (non tutti si chiamano "My_ref...

)
PS: la diafonia ed i fenomeni che ho citato influiscono molto sulla misura della fase. Io ho riscontrato una variazione a 20Khz su un prototipo di almeno 30°, prima e dopo un cablaggio ottimale (usando ovviamente un canale di ampli stereo come generatore e l' altro come test). Consiglio di munirsi di un piccolo GC (bastano circa 1W /8ohm, che equivale a circa +10dBv, per generare un test efficace) da usarsi come generatore di potenza per queste misure, in abbinamento al generatore....
ciao
Mauro